O acesso ao Centro faz-se mediante referenciação dos hospitais em que os doentes foram tratados inicialmente, tendo como área geográfica de influência directa os distritos de Beja e de Faro, nomeadamente:
§ Hospital de Faro
§ Hospital do Barlavento Algarvio
§ Centro Hospitalar do Baixo Alentejo
O Centro poderá ainda prestar cuidados à população de outros distritos do país desde que tenha capacidade disponível e não ocorram listas de espera.
A Lesão Medular, o Traumatismo Crâneo-encefálico e o Acidente Vascular Cerebral são consideradas as patologias mais prioritárias de tratamento pelo contrato de gestão com o Estado, sendo-lhes dada prioridade no internamento de doentes, segundo critérios clínicos aplicados em colaboração com os hospitais referenciadores.